Claude Bemard realizou importante contribuição à Ecologia Médica quando propôs o conceito de "meio interior". Além de permitir a compreensão dos processos fisiológicos fundamentais, constituiu o ponto de partida para o estudo da ecologia endógena dos organismos. Como Shelford e Chapman notaram, nesse nível, a ecologia e a fisiologia têm muito em comum. No nível individual, a ecologia médica preocupa-se com o estudo das relações entre o homem e a microbiota endógena. Claude Bemard identificou os fatores abióticos do meio interno, na época em que Pasteur e Koch identificavam e descreviam os componentes bióticos do microecossistema endógeno.