OBJETIVO: Analizar la efectividad de la vacuna pneumocóccica polisacarídica y factores de riesgo y protección para infecciones por pneumococo en lactantes. MÉTODOS: Estudio transversal anidado en ensayo clínico con hijos de 139 mujeres seleccionadas en el prenatal en servicio público de salud en Sao Paulo, SP, de 2005 a 2006. Las participantes fueron aleatorizadas en tres grupos: el primero no recibía ninguna vacuna (n=46), el segundo recibía la vacuna pneumocóccica polisacarídica en el último trimestre del embarazo (n=42), y el tercero la recibía en el posparto inmediato (n=45). Las infecciones presumiblemente causadas por el pneumococo en los lactantes fueron acompañadas a los tres y seis meses de vida y colectadas muestras de nasofaringe. Fueron investigados factores de riesgo como: fumadores en el domicilio, otros niños en el domicilio y amamantamiento materno exclusivo. RESULTADOS: La vacuna pneumocóccica polisacarídica no mostró protección contra infecciones causadas por pneumococo. Sin embargo, el amamantamiento materno exclusivo hasta los seis meses protegió los lactantes contra las infecciones respiratorias (OR=7,331). La colonización de la nasofaringe por pneumococo a los tres o seis meses aumentó la probabilidad de infecciones respiratorias (OR=2,792). CONCLUSIONES: Lactantes amamantados exclusivamente con leche materna hasta los seis meses son significativamente protegidos contra infecciones por pneumococos, independientemente de la vacunación pneumocóccica.