A Constituição da República Federativa do Brasil de 1988 - especialmente quanto ao direito à saúde - e a Legislação complementar ao Sistema Único de Saúde (SUS) determinaram significativa reorganização jurídico-institucional das funções das três esferas de governo na área da saúde. Do ponto de vista organizacional e gerencial, a Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo não ofereceu, até o momento, um desenho condizente com as funções que deve desempenhar no SUS. Os autores objetivam caracterizar as dificuldades e as discrepâncias encontradas entre as funções que a Secretaria de Estado da Saúde deveria desempenhar no sistema e as que vêm, de fato, realizando. O trabalho é realizado através da análise de documentos e observações quanto à organização do primeiro nível de subordinação e vinculação à Secretaria, na administração direta e indireta.